现在的港口铁路运输企业组织管理结构仍为沿袭老铁路的那一套，普遍存在着大而全、小而全、水平低的现象和金字塔式的管理组织机构，从而造成管理层次多、职能重叠、分工过细、组织僵化、活力减少。随着行政性分权到经济性分权的过渡，企业组织管理的有效性也进一步扩张，导致了管理幅度的延伸，使得组织内部消灭由分工带来的制衡与协调，以创造*短的信息流，结果使结构变扁.其次，随着物流信息的进程，使得管理信息的下达和获取已不需要通过中间层，信息化的巨大压力会将金字塔式的组织压扁，形成一个横向的面对面的管理结构模式。
优化港铁物流的灵魂是创新创新是知识型、智能型港口企业的灵魂。在这样的港口企业中，知识和技术取代劳动力和其它物质资源成为*重要的因素。因此，要优化港口铁路物流系统，把铁路运输企业建设成为知识型、智能型企业，就必须发扬科学精神，在体制、组织、技术、设备、管理、人才等诸方面不断创新，以保持和增强企业的新鲜活力和竞争能力。
体制、组织创新。港口物流的实施要求企业的管理体制和企业内部的组织结构均应进行创新变革。体制上的创新由于受国家宏观上的改革政策支配，在这里就不作进一步探讨。组织结构的创新，则是以作业物流为中心来完成由职能型向流程型转变。传统组织结构是金字塔型的直线职能型。在信息社会中，强调以信息为中心构思组织机构。微机、网络等信息技术的广泛应用，可将生产信息同一时间内直接传送给现场工作人员，要求现场工作人员组成自主的团组，能根据接收到的相关信息，独立自主的运作，快速回应客户与上级要求，以卓越成效完成一个流程服务。
管理、人才创新。管理创新面广量大，要以铁路运输生产工艺的创新为前提，努力搞好分配、教育、质量、经济体制等管理内容的创新，其中创新的人才是管理创新的核心。港口物流是后工业社会的产物，必须由创新思维和创新能力的人去发动和实施。当前，我们企业在职人员的教育水平和综合素质还远远不能适应这场革命的需要。因此推动港口物流和铁路物流的发展的**个战略步骤，也是*主要的步骤，就是物流科学知识的普及、人员的培训。要重视科学研究、技术开发人才，同时要注意选拔研究和开发领域的管理人才，要不断地尝试采用新的模式，高效率的使用和激励人才，充分发挥其创造性。加强职工培训甚至终身教育，这应当成为我们企业今后的竞争战略。
技术、设备创新。经过多年发展，目前港口铁路大部分已实现牵引机车内燃化、铁路信号自动化、调车指挥无线化、货物过衡电子化。技术、设备水平有了大幅度提高，但离港口物流的要求还差的很远。在港口物流时代，主要不再依靠传统技术优势来提高生产力，而是将重点从传统技术转向信息技术。因此，港口铁路运输企业要跟上形势，就要以先进科学技术为指针，建立起充满活力和生机的科技开发机制，一方面要开展传统铁路设备、技术实用科技的发展，以创新技术取胜；另一方面，要紧跟铁路生产、管理应用软件的创新，以信息技术**。一个知识型、智能型的企业，就是要在不断的技术创新中提高运输效率，增强经济效益。