生物聚合物在这方面的问题比合成聚合物更严重，特别是直接从天然材料中提取的聚合物（Petersenetal.，1999）。这些材料的阻隔性能，尤其是湿气阻隔性，比现有的包装材料差。而且由于存在被吸附的湿气，材料的气体、水蒸汽和香气阻隔性更差。比较了石油基塑料（通用聚合物包装材料）和几种生物聚合物的氧气、二氧化碳和水蒸汽渗透系数，后者的性能较差。通过比较，我们也可以归纳出聚己内酯（PCL）由于其加工温度低，可以被用来和其它得自可再生资源的聚合物组合起来，制备低亲水性的可生物降解包装材料。
有几种方法可以提高生物聚合物的阻隔性能，比如：1）表面涂覆，提高包装材料的疏水性2）两种或多种生物聚合物多层复合（共挤出）3）使用可食性的表面涂覆达到阻隔要求，并以生物聚合物为主要包装4）开发具有不同性能的生物聚合物共混物（Cabedo，Feijoo，Villanueva，LagarnGimnez，2006），比如聚乳酸（PLA）-聚乙二醇（PEG）共混物、PLA-聚羟基烷基酯（PHA）共混物，以及PLA-PCL共混物5）生物聚合物的化学和或物理改性）开发基于生物聚合物的微米或纳米复合物共挤出多层复合薄膜已被广泛地应用于食品包装中，诸如新鲜的意大利面、肉类和蔬菜，以延长其货架期。目前，商业多层薄膜含有3-9层来源于化石燃料的不同聚合物薄膜。基于生物聚合物的包装材料的阻隔性能还不足以同普通聚合物相提并论，所以目前不可能完全取而代之。需要使用生物聚合物包装的食品是那些"价高"而货架期短的水果和蔬菜：通过气调包装技术（MAP），使用生物聚合物的多层复合包装是可以保存有呼吸作用的食品的，其重点不仅在于渗透系数，还在于渗透系数的比例。基于生物聚合物的包装材料，其二氧化碳/氧气渗透选择性适应于MAP，这是合成聚合物难以达到的。比如，小麦麸质薄膜有宽泛的渗透选择系数，而大多数合成薄膜的选择系数在4到6之间。