1业务关系协调复杂，信息不畅。在仓储实际工作中，各仓库既受上级业务主管部门指导，又受行政主管部门领导。用通俗的话讲就是库房内受业务部门管理，库房外受营房部门管理，人员受行政部门管理。各部门都存在复杂的协调关系，不利于组织展开工作，造成信息反馈不畅，影响科学决策。（3）仓库职能难以发挥，效能欠佳。仓库在实际工作中只有维持库存物资数量与质量的职能，而不对库存物资的实际效能负责，造成大批已退役的物资积压，出现这种情况的主要原因是思想认识滞后于市场经济的发展。由于用管两条线，物资的价值与使用价值分离，库存物资只具备了使用价值的形态而脱离了价值的形态，与市场经济规律相悖。
2.管理技术手段欠缺（1）管理理念落后，专业管理人才不足。传统后勤仓储活动仅仅是把仓库作为一个物资中转站，所谓的管理也仅限于物资的收发保管等初始管理活动。在高技术和新理论快速发展的今天，传统管理理念已无法正确指导仓储管理活动。由于历史原因，我军仓储管理人员构成复杂，综合素质较低，知识面不广，业务水平不高，已无法满足我军现代作战所需后勤保障能力的需要。（2）设施设备老化，硬件配套不齐。后勤仓储规模扩大，管理信息量增加，管理更趋复杂，设施设备落后与管理工作量大的矛盾日益突出，如计算机等现代管理设备的不足已极大地限制了仓储管理工作的开展，影响了后勤物资保障力的提高。（3）经费投入分散，经济效益未能发挥。仓库库房建设经费由营房部门负责，而标准外维修经费由业务部门负责，综合仓库部分经费由司令部门负责，造成有限的经费“撒胡椒面”。随着时间的推移，绝大多数仓库库房都在30年以上，进入整修高峰期。经费问题将会成为管理中的大问题。
后勤仓储管理发展趋势：
1.管理体制高效化现代战争爆发的突发性和快速军事后勤仓储管理改革 要求后勤物资保障必须具有反应快、效率高的能力；同时，信息技术在后勤仓储管理中的应用，有利于减少管理层次，建立更加合理完善的管理体制，提高工作效率。因此，体制高效化必然是后勤仓储管理的发展方向。
2.管理人才专业化随着社会生产力的提高，军用物资品种日益繁杂，仓储设施设备日趋现代化，后勤仓储管理职能也在发生变化。后勤仓储管理已不仅仅是传统的收发保管工作，而是要运用系统科学的观点，从提高后勤仓储系统的运转能力出发，对仓储系统的技术、信息、人员等方面进行全面的管理。因此，后勤仓储管理的复杂性，需要一支高素质、结构合理且具有广博知识，精通业务，熟练掌握管理技能，具有相应军事、物流和管理专业知识的军事仓储管理人才队伍。
3.管理方法定量化后勤仓储管理从经验管理上升到科学管理的阶段，引入了现代管理科学的理论和方法，应用定量分析的方法对后勤仓储管理涉及的问题进行定量的分析和描述，建立数学模型，从数量对比的基础上，选择出*优方案。同时要运用数学模型作预测，合理安排物资库存方式。
4.管理手段现代化目前，计算机在后勤仓储管理中的应用已相当普遍，各种后勤仓储管理软件也相继投入使用。伊拉克战争中美军使用的全资产可视系统，为实现美军战场物资适时、适地、适量保障发挥了重要作用。我军由于软件开发力量薄弱，各单位自成一体，造成软件功能不完善，系统性不强。因此，针对后勤仓储管理实际，开发科学、实用的软件成为当务之急。