出/入库出库、入库是立体仓库系统的主要功能，类型有：（1）指定出库：出库时只要输入货物编号，就能出库指定货物；（2）自动出库：根据出库货物品种要求，以先进先出的原则自动出库；（3）入库：一次完成单一的入库操作；（4）入库、出库复合操作：为提高堆垛机运行效率，设计了入库、出库同时进行的复合操作，提高堆垛机的运行效率，堆垛机一次能接收三组入/出库信息，并且连续完成入/出库操作，入库与出库流程。
升降台控制升降台控制是货物出/入库时，库内、库外货物交接工作台。入库时，通过出入口，货物按要求放在升降台，升降台上升到高位。堆垛机伸叉取走货物，进行入库操作。出库时，堆垛机把出库的货物放在升降台，升降台下降到低位，通过出口把货物取走。为防止出错，每一步都经过红外装置检测，状态正确时才进行后续工作，。
突发故障处理在出/入库过程中，有可能突然停电或发生其他故障，导致出/入库操作没完成，或者完成了出/入库操作，还没来得及记帐，导致库中货物与帐目不一致。因此，系统中设置了在途状态数据临时文件，记录出/入库操作的状态直至整个操作完成后才自动删除在途数据。
仓库库位优化实际的出库工作，一般是不均衡的，为避免这种情况，增加了库位优化功能。在无出/入库任务时，根据下一阶段的出/入库计划以先进先出的原则对库中的货物位置优化，提前把计划出库的货物放到出口附近的货位上，加快出库速度。
算法描述出库包括根据入库日期先进先出规则出库、指定货物号出库。入库有单独入库和入库、出库混合操作。库位优化是在指定货物品种后，库房内部货物位置变化的一系列操作，其结果把要出库的货物移动到出口附近。所有出/入库操作都是在堆垛机收到工控机指令后完成的，库内、库外的货物交接通过升降台完成。状态监测和一切有关控制由计算机系统负责完成。