根据乳酸菌的*适合生长温度特性，奶液需降到所需温度，以保证给乳酸菌提供*适温度使其顺利繁殖生长。可能降温温度过高或过低，*终导致菌种后接种，发酵时间延长效果不佳。但在发酵工序中可以纠正控制，其危害程度属于不显著性危害。菌种制作。菌种的优劣是生产成败的关键。可能造成的危害有：噬菌体的存在，单菌数比例失调造成活力不足，及菌种中的杂菌污染。其危害程度属于显著危害。此点为关键控制点。接种发酵。在此工序过程中应严格控制二次污染，及发酵过程中温度恒定。可能造成的危害有：车间环境，设备、管道清洗不彻底及接种时和发酵过程被二次污染。其危害程度属于较显著危害，此点为必备控制程序。配料调配。在配料时准确无误称料，保证料液全部溶解，并按要求冷却到所需温度才能与发酵剂混合调配，可能造成的危害有：杂物或异物污染，其危害程度属于较显著性危害。此点为必备控制程序。此工序使发酵奶和稳定剂糖液充分融合，保证产品更加稳定。可能造成的危害。其危害属于不显著危害。
此工序若包材消毒不彻底或消毒液残留及环境卫生达不到规定，以及机械故障等原因，造成产品变质，其危害程度属于显著性危害。此为关键控制点。关键控制点确定根据危害分析评估确定9个关键控制点，及5个必备控制程序，临界值控制及纠偏措施临界值指的是一个与关键质量控制点相匹配的预防措施所必须遵循的尺度或标尺，如温度、时间：值的范围等工艺条件。产品进行危害确认和控制，才能有效保证食品安全；原辅材料采购、运输、贮存的卫生管理。
企业所采购的各种原料应符合《中华人民共和国食品卫生法》中的相关规定，生鲜牛乳应符合C4D38的规定。各种原辅材料的运输使用干净车辆，生鲜牛乳的运输必须使用密闭的、洁净的、经消毒的奶槽或奶桶。贮存原料的仓库应干净、干燥、整洁，过期原料及时处理。同时仓库应设置防鼠、防虫设施。工厂卫生管理。生产加工区域应保持墙壁、地面、天花板和排水沟清洁；所有设备和工具必须经常清洗和消毒；所有物品必须放在拍子上，不能放在地上；厂区周围和厂内应定期进行除虫灭害；更衣室、厕所、沐浴室等公共场所应保持干净、经常消毒；生产区域内必须有良好作业规范要求，每一个操作环节都应有明确细致的标准操作规范；生产上一切检查记录、操作记录和维修记录，应有主管领导签字并妥善保管。生产过程卫生管理。
防止交叉污染，特别注意前工序的物料直接或间接污染经消毒过的产品；从设备中回收或非正常连续加工的产品，不得投入正常产品中；菌种制备室和发酵操作间必须定时清理、灭菌，防止菌种污染。根据设定667A，严格控制生产，以确保产品的质量安全。成品包装、贮存及运输的卫生管理。储存包装材料的仓库必须清洁，有密闭门窗；产品应放在货拍货架子上；产品发放必须坚持先进后出的原则；不允许在装运食品的车上装运非食品物品。个人卫生与健康管理。员工必须是健康人群，应有良好的卫生习惯，严格遵守《个人卫生规范》要求。防止污染物的危害。生产加工所用清洗消毒剂、润滑剂验收合格方可使用，其质量应符合国家卫生标准；所采购的化学危害品要隔离存放，专人保管，入库前并认真检查登记；出库时，保管员要严格发放手续；使用人员严格按正确操作规程执行。建立企业内部执行小组，通过对生产环节和终产品的检测，以验证体系运行有效性。长货架期乳酸菌奶生产过程中9个，即原料奶（或奶粉）验收，杀菌，菌种制作，二次灭菌，无菌灌装；及5个必备控制程序77点，即原料奶生物性危害控制，菌种接种发酵，配料调配。明确了生产管理中的难点和重点，降低了管理成本，而且大大提高了产品质量，保证了产品的安全。