物流仓储企业又因其固定资产多，占地面积大，投资回报低，因此，控股企业，或企业所有者经常会忽视其存在对企业竞争力的作用，其发展对企业盈利的作用，手头缺资金就里换或出售物流仓储企业的设施设备，或转让土地使用权，这种随意性，极大地挫伤物流仓储企业的经营者和员工的积极性，影响物流仓储企业的战略定位。有的被安排到降级岗位，有的被照顾至被人认为黯淡的岗位，有的刚踏人岗位就感到压力重大，总之，随着岗位变化，个人的利益受到挑战。
物流仓储企业尽管也经过各种形式的改革，可是，由于历史原因，企业人员沉淀较多，企业成本较高，效益低下，并购整合，就是要降低企业经营成本，提高企业经济效益，该合并的机构合并，该撤销的机构撤销，该转换职能的机构转换，该缩小的机构缩小，该增扩的机构增扩，事实上，在目前，合并、撤销、转换、缩小的机构，比增扩的机构要多得多，这样，企业并购整合中的部门小团体利益必定受到冲击和破坏。企业并购还有一个企业利益问题。
企业并购整合必然是利益的再分配，每一个企业想固守已有的利益是不可能的，原有的利益平衡被打破，新的利益平衡形成需要时日，在打破和重建过程中，各种利益矛盾此起彼伏，就会阻碍物流仓储企业的并购整合就会出现下列情况受利益的指使，物流仓储企业并购一拉开序幕，就会受到绝大部分人不分青红皂白的反对在调查现状时，就会出现不少假情况，掺水份的数据，残缺资料在讨论整合方案选择时，就会有不少牢骚在确立新工作程序时，就会由于消极怠工，抵触反对，使企业的效益非但不升，反而有下降的趋势。
文化触合问题利益平衡问题市场经济的核心是利益，利益是永恒的，是由人的基本需要决定的。在一定的形式下，人们默认了利益的分配，而当这一已被人们熟识的形式稍有变动，就会牵一发而动全身。物流仓储企业并购，是一个大变动，必然引发各种利益矛盾的大冲撞，要使这种利益的矛盾在新的形式下达到平衡，也不是轻而易举的。物流仓储企业并购整合引发岗位变动，使很多人的技能、经验接受考验，有的走上新的岗位，有的被淘企业文化是企业发展的产物，是企业团体凝聚的精髓，它是企业生存的基础，发展的动力，行为的准则和事业成功的核心。