随着港口业的大力发展，但港口水路交通中的食品卫生问题不容回避。只有解决存在的问题，才能把食品运输水平提高并与国际接轨。食品本身是符合卫生标准的，但使用不洁的箱体运送食品，使得食品失去食用价值，造成数万元经济损失的先例也有（2）；冷藏设施滞后。由于冷藏车、冷藏船、冷藏集装箱和专用冷库的严重不足以及管理落后等原因，目前港口的冷藏设备，特别是冷藏仓储基础设施严重滞后（3）。散装货船食品混装和防范措施落后。食品可能受到多种多样的物理、微生物、化学和辐射污染，尤其是将食品与农药、化肥及其他有毒、有害物质混船（装）运输。在中转运输过程中混装*常见，造成的后果显而易见。此外，散装船上食品遮蔽物的不健全以及装卸食品时温度的高低等因素也是影响食品质量。
食品卫生安全计划发现薄弱环节，制定全面的食品卫生与安全计划。确定所有可能发生杂质掺入或污染食品的薄弱环节，对产品进行抽样微生物检查，对粮食在入库时和出库前分别做仓库的温、湿度和粮食含水量等有关检测，检查结果可与入库前的状况进行比较，以确定是否需要对运输方法、中转时间或程序作出调整。
上海港口经历了数十年的建设，尽管取得了较大的成绩，带动了国内水路物流运输的发展，但在港口食品运输方面，还存在着卫生安全方面的薄弱环节，这将影响对外贸易发展与交流。这就要求我们必须尽快在港口法、食品卫生法指导下建立起既适合我国当前国情，又能与国际物流接轨的港口食品运输质量安全标准和规范体系，从而保证港口食品卫生安全，确立上海港成为东北亚航运中心主导地位。