在刚加工水产品微生物菌丛中的数量少，仅占非常小的一部分，但在贮藏中生长比其他微生物快，并且腐败活性强。水产鲜品和温和加工品的专家们对进行的研究表明，要确定腐败水产食品中分离的细菌哪些导致腐败不是一件容易的事，需要广泛的感官、微生物和化学研究。鉴定取决于对腐败产品的感官和化学特征与那些腐败微生物菌丛分离物的比较囚。在对一种的鉴定上，产生异味的定性能力腐败潜在性和产生腐败代谢物的定量能力腐败能力的鉴定是必要的，而且仅能用于限定范围的鉴定。
众所周知，在鱼制品加工和包装过程中，只要少量的不同就导致腐败的不同发展及成分的巨大变化，甚至导致完全不同的腐败类型。即使是相同类型的产品，腐败的发展也可能不同，例如地理和同微生物相互作用的其他未知因素。专家指出，水产鲜品在相同的地理条件下，同类型产品中只有一种或几种微生物总是作为腐败菌出现，而且可能只有一种。发酵型革兰氏阴性细菌是未加冷藏鲜鱼的，如果水产品是在受污染的水中捕获，主要腐败菌是肠细菌闹。在半保藏产品如醋渍鱼或暴腌鱼中，通过酸化或低盐来增加保藏性，促使乳酸菌和酵母菌生长，抑制了其他微生物。近年来常用相当于巴氏杀菌的轻度加热处理制作真空蒸煮袋产品，贮藏中芽袍杆菌丑。
温和加工品的情况较为复杂，由于内在和外在条件的不同，诸如原材料和加工过程的复杂性，要弄清楚腐败微生物新陈代谢对产品可能变化的重要性，还须做更多的工作。水产食品特定腐败菌与货架期的预测和延长水产品产生的许多微生物代谢与肉类和家禽类产品相似，但水产品腐败产物特别是通过厌氧呼吸的一些细菌产生，会导致出现象氨和鱼腥味特征的异味，这是由于水产品不同于肉、禽类的化学组成了。有些腐败产物可以用来作质量指标，与速度慢的微生物方法相比，化学分析要快得多，但是可测定浓度的有些化合物要到接近腐败才出现。
传统的方法不能很好地评价食品的剩余货架期，近多年来，并没有一种新技术在腐败发生之前能很好地预测产品的剩余货架期比。实际中行之有效的检测方法必须反应迅速，重复性好，而且重要的是能衡量食品变质的程度，而不是简单地断定感官上也很容易判断的腐败的发生。水产品货架期受许多因子的影响，差异相当大，所以过去几十年对产品直接法微生物的、感官的、化学的评估水产品品质进行广泛研究，但都受到时间和灵敏度的限制。